環東シナ海環境資源研究センターは, 水産学部附属海洋資源教育研究センター（旧水産実験所）が改組され, 2005年4月に長崎大学全学共同教育研究施設として発足しました。本センターは改組により 5 名の専任教官の体制となり, センターに常駐する4年生, 博士前期および後期課程の大学院生, ポスドク研究員らとともに, 東シナ海や有明海, 大村湾などを対象海域として, これら海域における生物学的・海洋学的過程の解明を目指して様々な研究を行っています。
本センターが位置する長崎新漁港国際海洋総合研究ゾーンは, 独立行政法人水産総合研究センター西海区水産研究所と 長崎県総合水産試験場が本センターを挟む形で設置されており, これらの三機関は密に連携して共同研究や社会啓蒙活動を行っています。
また, 本センターには屋内水槽及び網イケスが備えられていることから様々な海洋生物の飼育実験が可能で, 生きた生物材料を使った研究活動を行うとともに, 実験実習を通して水産学部の学生をはじめとする長崎大学の 学生教育にも大きく貢献しています。国内・国外からの研究者・学生にも広く門戸を開いており, 多くの大学や研究機関との 共同研究が進行しています。さらに, 西海区水産研究所と長崎県総合水産試験場とともに, 長崎魚市株式会社はじめとする 地元水産業会とも活発な交流を行っています。
センター前の岸壁は水産学部附属練習船「長崎丸」と「鶴洋丸」の定繋港となっており, 本センターでは, 「長崎丸」や「鶴洋丸」を活用して東シナ海や有明海の海洋環境の調査・研究も行っています。