本センターは臨海施設であることから, 長崎大学において, 生きた海洋生物を取り扱うための設備をもつ最大の施設です。 本センターには飼育実験室・特別飼育実験室・学生実験室・屋外飼育施設・海面生け簀があり, 生物の飼育や海水を使用した実験を行うことができます。 また, 新鮮な生物試料を用いた生理学的実験が行えるよう, 生物学実験室・組織細胞培養室などを配備しています。この他, 近年発展がめざましい, 分子生物学や生物化学実験が行えるように, 分子生物学実験室・化学実験室・低温室を備えています。
これらの実験室は学部学生の臨海実験の他, 4年目学生の卒業研究, 大学院博士前期・博士後期課程の研究に使用されています。 また, 学内にとどまらず, 国内外の大学院生や研究者が共同研究などで利用しています。